抗结核药物的副作用取决于不同类型的药物，不同的药物副作用不一样，常用的异烟肼、利福平，主要的副作用是对肝功能的损伤，也就是长期用会出现肝功能异常，或者是更严重的肝损害。异烟肼还可以引起末梢神经炎，利福平可以出现消化道副反应，比如消化不良、恶心、呕吐、腹痛等症状，也可以因为药物引起肝炎以及血液中的白细胞下降。
吡嗪酰胺会导致尿酸升高，出现皮肤的光过敏，就是见光以后出现皮肤的过敏症。链霉素如果过量或者是过久，可能会对肾脏以及耳朵的听神经产生损伤。所以在治疗结合的过程中，一定要定期复查血常规、肝肾功能，根据临床表现和产生的副作用，随时调整治疗方案。但是一定要在医生的指导下进行调整，不能自行改变治疗方案。