甲状腺功能减退的诊断主要依据实验室血清学检测，促甲状腺激素TSH是甲减诊断的一线指标。如果TSH高于正常范围则可诊断为甲减，同时伴有甲状腺激素T3、T4水平降低，则为临床性甲减。
如果T3、T4水平在正常范围，且患者没有甲减相应的症状体征，则为亚临床甲减。无论是临床性甲减还是亚临床甲减，均会对患者全身多系统造成不良影响，会影响中枢神经系统。同时也是心脑血管病的独立危险因素，显著增加心脑血管病的发病风险。此外，如果甲减发生在妊娠期，则会对孕妇和胎儿同时造成严重的不良影响。