水飞蓟是苦而凉的特性，有清热解毒、保肝利胆的作用，对于急性或者慢性的肝炎、肝硬化以及脂肪肝有治疗作用，对胆石症、胆管炎以及胆管周围炎等肝胆疾病有良好的治疗效果。
水飞蓟可以用于疮疡肿毒以及丹毒的治疗，像下肢的丹毒，还可以用于胆结石、黄疸以及慢性咳嗽的治疗。
水飞蓟可以煎汤内服，也可以制成冲剂和胶丸，这个药没有太多的毒性，长期服用之后没有过多的不良反应，但是该药还是应该在医生的指导下应用更安全。