肺动脉栓塞时需要口服抗凝药物，可以选择华法林或者达比加群酯之类的抗凝药物来抗凝治疗。
大部分的肺动脉栓塞分为对症治疗和特异性治疗，对症治疗包括改善低氧血症、止痛、舒张支气管、纠正休克和心力衰竭等，而特异性治疗要从抗凝、溶栓或者手术和预防再栓塞四个方面来考虑治疗。
对于血流动力学稳定的病人，先后给予静脉肝素治疗，以及静脉肝素联合口服抗凝治疗，4-5天后转为口服抗凝治疗，维持三个月。
而对于血流动力学不稳定的病人，则先需要抗溶栓治疗，有效后再转为抗凝治疗和维持治疗，而肺动脉栓塞的手术治疗包括介入治疗或者是外科治疗两种方式。