由于一些疾病，比如亚急性甲状腺炎、急性化脓性甲状腺炎，由于甲状腺细胞内的炎症，刺激了甲状腺的包膜，所以甲状腺的区域会有疼痛。检查的时候在甲状软骨的下方、气管的前方可以触到甲状腺有压疼的情况，甚至疼痛严重的可以自发疼痛，疼痛可以放射到耳后、颈后等部位，这种情况下需要用消炎药，甚至激素、非甾体消炎药，可以缓解疼痛的症状。其它的一些甲状腺的疾病，比如Graves病、桥本氏甲状腺病以及甲状腺腺瘤，这些甲状腺疾病是不会有疼痛的感觉的。