肾结石多数情况下没有任何临床表现，当体积增大到2cm以上时往往会合并有肾积水，或反复长期的镜下血尿等临床表现。输尿管结石往往具有强烈的腰腹痛、恶心、呕吐以及肉眼血尿等表现，而膀胱结石的特征性表现主要是排尿过程中的尿流突然中断。
尿道结石最为罕见，一旦发生通常表现为尿线突然中断，而且不能自主排尿，甚至出现急性尿潴留的症状。所以泌尿系结石要根据患者的临床症状来初步判断结石的部位，但更重要的是需要接受B超和CT这样的常规检查，来判断结石的部位、数量和大小，为后期治疗方案的制定奠定基础。