器质性肥胖又称为继发性肥胖，是肥胖的一种类型。
器质性肥胖主要指由于疾病或者药物所导致的肥胖，导致器质性肥胖疾病主要有皮质醇增多症、甲状腺功能减退症、下丘脑或者垂体的疾病，如肥胖生殖无能综合征，这种疾病病变部位主要在下丘脑，病变病因以占位、脑积水和结核为主。
胰岛相关的疾病主要见于2型糖尿病的早期，胰岛β细胞瘤和功能性的自发性的低血糖症，还有性腺功能减退症，导致肥胖的一些药物，主要有糖皮质激素、抗精神焦虑类的药物。