细菌性阴道炎的治疗要选用抗厌氧菌药物，主要有甲硝唑、替硝唑、克林霉素。甲硝唑可抑制厌氧菌的生长，而不影响乳杆菌的生长，是比较理想的治疗药物。
但是具体的用药要在医生的指导下进行使用，不能自己盲目的使用药物，有这样不仅不能减轻症状，可能会加重病情。医生会根据患者的情况进行个体化的治疗，所以要在医生指导下进行使用。菌性阴道炎的临床特点是带有鱼腥臭味的稀薄阴道分泌物增多，可伴有轻度外阴瘙痒或烧灼感，性交后症状会加重，在阴道分泌物中找到线索细胞就可以进行诊断。