对于肛周脓肿形成的原因，主要考虑以下三种：
一、肛管内肛腺感染：粪便进入并积存于肛隐窝内，引发了肛腺的感染，继而感染肛管直肠周围的间隙，形成肛周脓肿。
二、损伤后造成感染：由于直肠内异物或干结粪便经过直肠造成的损伤，或者外伤导致了感染，向深部组织扩散，划伤的肠黏膜由于局部病原菌较多而继发感染，就会形成肛周脓肿。
三、肛门周围的皮肤、毛囊、汗腺感染：这种感染形成的脓肿可归类为非瘘管性肛周脓肿，因为来源并非是肛管内部的肛腺，所以不会形成肛瘘。