唇腭裂是胚胎发育的前12周，母亲受到某种外界因素的干扰，导致各胚层发育或融合，受到干扰形成的畸形缺损。对于唇腭裂来讲，引起胚突发育和融合障碍的确切原因和发病机制，目前尚不明确，但是发病因素有很多种，常见原因如下：
一、遗传因素：有些唇裂和腭裂的患者在直系或旁系的亲属中，可以有类似的畸形缺损，这说明唇腭裂的畸形与遗传有一定的关系，唇腭裂属于多基因遗传性疾病。
二、营养因素：各种原因造成女性妊娠期间维生素的缺乏，会导致先天性唇腭裂的发生。
三、感染和损伤因素：临床上发现女性在妊娠初期，如果受到某种损伤，特别是引起子宫或邻近部位的损伤，比如不全流产或药物堕胎，也可以导致唇腭裂的发生。
四、内分泌因素：可能会导致唇腭裂的发生。
五、药物因素：多数药物进入母体后，可以通过血胎屏障影响胚胎，导致畸形的发生。
六、物理因素：包括射线也可以引起。
七、烟酒因素：可能会导致唇腭裂的发生。
如果发生唇腭裂之后，主要是采取手术治疗。