正常人咽部及扁桃体隐窝内存留着某些病原体，当人体抵抗力降低时，病原体大量繁殖，多数破坏隐窝上皮，使细菌侵入而发生炎症。受凉、潮湿、过度劳累、烟酒过度、有害气体刺激、上呼吸道有慢性病灶存在等，均可诱发本病。
扁桃体炎的病原体可通过飞沫或直接接触而传染，通常呈散发性，偶有群体中暴发流行。扁桃体炎的主要致病菌是乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、鼻病毒、腺病毒、单纯疱疹病毒。