卵巢囊肿的治疗需要根据患者的年龄、症状、囊肿类型和大小等具体情况来确定。卵巢囊肿是很常见的良性肿瘤，大多没有特殊症状的，多数是在体检超声检查才发现。
初次发现的直径不超过5cm的囊肿，因为有生理性囊肿的可能性，先观察2-3个月以后再复查，生理性的囊肿基本都会消失。非生非理性的囊肿，如果体积比较小，对人的影响就会很小，没有特殊症状，基本上都是定期复查，这期间可以吃点中药。
当囊肿对健康的生活产生明显影响时，就需要积极治疗，有药物治疗和手术两种方式。在药物治疗方面，比如多囊卵巢有内分泌的异常、月经紊乱，多导致不孕，需要使用激素来调经，年轻者还要促排卵，小的巧克力囊肿可以口服避孕药或者孕激素治疗。
在手术方面，如果囊肿大或者生长快，出现了蒂扭转、破裂或者绝经后新发生的囊肿，主要是通过手术方式治疗。如果是妊娠合并卵巢囊肿，情况会比平时稍微复杂一些，孕期不会太积极的去做手术，手术指征会把握得更严一些。