鱼腥草的根没有药用价值，鱼腥草只是地上的部分，是入药的，也就是茎和叶是主要的，但鱼腥草的根不入药，因此很少就不会用到根，只用到叶的部分，鱼腥草有辛、甘、微寒的特性，入肝经、入肺经。
鱼腥草可以清热、解毒、利尿、消肿，用于治疗肺炎、肺脓疡，用于治疗痢疾、疟疾、水肿病的治疗，也用于治疗泌尿系的感染、中医的淋症。
也用于阴道的感染、赤白带下，另外鱼腥草的外用可以治疗湿疹，疥癣、疮疡都可以治疗。