有的甲减是会自愈的，有的甲减不会自愈，具体取决于引起甲减的病因。引起甲减的病因比较多，常见的有自身免疫性的因素，如桥本甲状腺炎是引起甲减最常见的原因，是因为自身免疫因素导致机体内产生异常的抗体。
这些抗体破坏掉甲状腺细胞，从而导致甲状腺激素合成和分泌不足，产生甲减，由桥本甲状腺炎导致的甲减是不会治愈的。
如果是亚急性甲状腺炎、产后甲状腺炎所导致的甲状腺功能减退症是可以治愈，如果是手术导致的甲减或者是碘131治疗甲亢之后产生的甲减，也是不会自愈的，需要终身使用甲状腺激素替代治疗。