对于疱疹性咽峡炎，临床可以从两个方面治疗，一个是对因治疗，另一个对症处理。疱疹性咽峡炎通常是由柯萨奇病毒引起，临床上目前还没有什么特效药物，但可以用对病毒可能有抑制作用的药物，比如施保利通片、利巴韦林或抗病毒口服液治疗。针对疱疹性咽峡炎在咽部造成的溃疡，也可以用开喉剑喷雾剂之类药物，缓解一下局部发炎症状。
此外，也可以针对患儿在该过程当中出现的感冒症状，如打喷嚏、流鼻涕、鼻塞，可以用小儿感冒颗粒或氨酚黄那敏，缓解一下感冒症状。疱疹性咽峡炎也可能会引起发烧，除了采取必要物理降温措施以外，如果体温达到38.5℃，可以用美林、泰诺林处理一下。如果4-6个小时未缓解，根据情况还可以再重复使用。疱疹性咽峡炎病毒引起炎症，恢复需要一个过程，在此过程当中，如果病情出现变化或反复，必要时要带小孩到医院里面，请医生协助处理一下。