霉菌性食管炎可以选用抗生素、质子泵抑制剂、消化道黏膜保护剂、抗胆碱等类型药物进行对症处理。白色念珠菌感染是此类病症的常见病因，可以选用广谱抗生素进行抗感染治疗，常用药物类型有伊曲康唑、霉菌素、甲硝唑等。配合质子泵抑制剂以及消化道黏膜保护剂进行联合用药治疗，可以在食管道黏膜形成保护层，抑制胃酸液分泌，减少其对病患处的刺激影响，加速受损组织的愈合修复。常用药物有雷贝拉唑、奥美拉唑、枸橼酸泌钾颗粒等。抗胆碱药可以缓解改善疾病引起的吞咽疼痛、反酸、烧心等不良症状表现，如硫酸阿托品片、颠茄片、普鲁本辛等。