肠镜的检查流程，第一要完善检查前的化验以及检查，化验主要包括血常规、生化以及传染病。
血常规的筛查是为了看患者血色素以及血小板的水平是否达标，过度的贫血以及血小板过低都会给肠镜的检查增加风险。生化的检查主要是为了化验患者的肝功能，以除外病毒性的、传染性的肝炎，如甲肝、戊肝等等，感染的指标主要是经过血液传播的病毒，如乙肝、丙肝、梅毒、艾滋病等等。
这些是实验室检查，其它的检查还包括心电图等等，主要是为了评估患者的心脑血管是不是处于稳定的状态。在完善了这些评估以后，患者符合做肠镜的条件，需要在做肠镜检查之前服用泻药来清洗肠道，肠道清洁干净以后，再行肠镜的检查。