肌间静脉血栓以抗凝治疗为主，肌间静脉血栓属于下肢深静脉主干的分支，临床上产生的肿胀症状相对较轻，往往很多患者疼痛症状相对较重。但是对于肌间隙血栓，如果没有存在手术、外伤的病史，要注意是否存在肿瘤的病史以及其他罕见如免疫系统疾病等。
对于肌间静脉血栓，建议进行肺动脉CTA筛查，明确是否存在肺栓塞，很多肌间静脉血栓的患者，由于主干深静脉的血栓已经发生脱落，造成了肺栓塞，从而在进行彩超时只看见肌间静脉血栓。如果证实肺动脉有血栓存在，其抗凝时间要延长至六个月以上。如果没有肺动脉拴塞，抗凝时间是三个月以内，同时配以弹力袜加压治疗，可以避免肢体肿胀，避免深静脉血栓的复发。