生化妊娠不是因为输卵管阻塞，输卵管阻塞会导致宫外孕或者不孕。生化妊娠输卵管是正常的，胚胎在种植于子宫内膜之前，或者种植于内膜之后，短时间内流产，这种情况与胚胎自身发育不良有关，比如染色体异常会导致机体免疫排斥，将胚胎排出体外，是最早期的流产。
一般孕囊发育尚小，B超还看不到孕囊，孕囊就随着阴道出血排出体外，表现为血尿HCG一过性阳性，随着阴道出血逐渐转为阴性。这种情况属于自然界的优胜劣汰，与胚胎自身发育不良相关，对以后的妊娠多半也没有影响。