硫酸庆大霉素颗粒是氨基糖苷类的抗生素，就广谱的抗菌活性，本品应用后不良反应较为严重，很多患者在用药过程中可能会出现听力减退、耳鸣等耳毒性反应，甚至影响前庭功能，出现走路不稳、眩晕等表现。庆大霉素还有一定的肾毒性，患者可能会发生排尿次数显著减少或尿量减少、血尿、食欲减退、极度口渴等。
此外一些患者还可发生皮疹、恶心、呕吐、肝功能减退、白细胞减少、粒细胞减少、贫血、低血压等副作用。在应用庆大霉素期间要注意监测肝、肾功能，并注意观察身体有无上述各种症状，若有异常反应应及时停药。虽然庆大霉素抗菌谱广、抗菌作用强，但由于上述不良反应的存在，尤其是对儿童、老年人和孕妇影响较大，可能会导致严重的不良反应，所以我国1999年颁布规定六周岁以下的儿童、孕妇以及65岁的老人禁止使用本品。