眼肌麻痹的治疗要根据造成眼肌麻痹的病因进行治疗，常见的原因有眼球运动麻痹神经、炎症所造成，一般病毒感染或者免疫力下降、糖尿病、周围神经病变等会造成眼肌麻痹，这种情况给予抗感染、抗病毒治疗和营养神经的药物进行治疗，可以改善。
还有一种是因为重症肌无力所引起，要给予激素或者溴吡斯的明进行改善症状。还有一种情况跟大脑动脉瘤压迫神经有关系，需要进行动脉瘤的治疗，再给予营养神经的药物，才能改善眼肌麻痹的症状。还有中枢神经造成的脑梗、脑出血等造成的眼肌麻痹，需要治疗中枢神经疾病才能治疗眼肌麻痹的症状。