小儿脓毒症是细菌侵入血液而引起的一种病症，脓毒症通常发生在儿童患感染性疾病后，比如肺炎、腹膜炎、胆管炎、泌尿系统感染、蜂窝织炎、脑膜炎、脓肿等。
其病原微生物包括细菌、真菌、病毒、寄生虫等，这些病原微生物在血液中大量繁殖，并在代谢过程中产生毒素，通过血流扩散到其他器官和组织，而引发儿童全身炎症反应综合征。儿童的严重创伤，比如严重烧伤、多发伤、外科手术等，也可引起脓毒症。若孩子患有糖尿病、再生障碍性贫血，也可引起脓毒症。