肺炎支原体和衣原体都是呼吸道急性感染常见的病原体，两者最大的区别在于是两种不同的病原体，它的形态、结构以及分型都是完全不同的，肺炎支原体和衣原体都是比病毒大、细菌小的病原体。
支原体没有细胞壁而衣原体有细胞壁，支原体体积比病毒大、细菌小，衣原体同样比病毒大、细菌小，但体积比支原体要大。除了两种不同的病原体，两种不同的分类，在形态和结构上不同以外，它们引起的急性呼吸道感染的临床症状、体征、治疗方法都大致相同。