大多数溃疡性结肠炎的患者，主要表现为腹泻和黏液脓血便。腹泻主要与炎症导致大肠黏膜对水、钠的吸收障碍，以及结肠运动功能失常有关。黏液脓血便是溃疡性结肠炎活动期的重要表现，是黏膜炎性渗出、糜烂及溃疡所致。
患者还会有腹痛，多有轻至中度的腹痛，为左下腹或下腹阵痛，也可累及全腹。患者常有里急后重感，便后腹痛缓解。轻者可无腹痛或仅有腹部不适，重者如过并发中毒性巨结肠或炎症波及腹膜，可有持续剧烈的腹痛。患者的其他症状还包括腹胀、食欲不振、恶心、呕吐等，中重型患者的活动期还可以出现发热，长期腹泻会导致患者出现营养不良。