原发性甲状腺功能减退症缘于甲状腺本身的缺陷，主要是甲状腺组织破坏或甲状腺激素合成障碍所致，主要有以下几个方面的因素所引起：
第一、甲状腺发育异常，母亲患有自身免疫性甲状腺疾病，体内产生的TSH受体阻断了抗体进入胎儿内，可以导致甲状腺发育不良或异常。
第二、甲状腺炎，最常见的是自身免疫性的甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎、无痛性甲状腺炎和产后性甲状腺等。
第三、遗传易感性，原发性甲状腺功能减退症，具有家族聚集性，这种家族聚集性主要是它具有某些基因位点的异常。
第四、环境因素，目前认为，本病是一种受多种内、外因素影响的自身免疫性甲状腺疾病，其中桥本甲状腺炎的发病机制研究的比较清楚，可以受到环境因素、感染和性激素等多方面因素的影响。
第五、自身免疫反应，在甲状腺的疾病当中，在桥本甲状腺炎的细胞内，我们可以看到T淋巴细胞的大量浸润，产生大量的细胞因子，表明细胞免疫介导的自身免疫反应，参与了桥本甲状腺的发病机制，其次自身抗体，甲状腺炎患者体内可以有多种自身免疫性抗体的产生。
第六、甲状腺功能亢进症行放射性碘131治疗后，或手术切除后，可以造成甲状腺功能减退症。
第七、碘过多或碘缺乏，过量的摄入海产品或海产品摄入不足，造成碘摄入不足，也可以造成原发性甲状腺功能减退症。
第八、抗甲状腺药物引起的原发性甲状腺功能减退症。