目前肝内胆管细胞癌的病因仍然是不明确的，但是有诱发因素是值得关注的。首先第一点就是胆道系统的感染，胆道系统的感染会导致胆道的慢性炎症，这种慢性炎症的刺激是胆管细胞癌发生的病理基础。第二个要比较关注的疾病是寄生虫感染及肝内胆道结石，寄生虫或者它的代谢产物或者结石存在胆管内，会对胆管造成长期的刺激，会导致胆管内皮细胞增生，时间久了会导致胆管细胞癌的发生。除了以上几个因素之外，还有一些其他的因素跟肝内胆管细胞癌的发生是有密切联系的，像自身免疫性的疾病，如溃疡性结肠炎或者原发性硬化性胆管炎、先天性胆管囊肿，这些病人发生胆管细胞癌的风险明显高于一般人群。