肝内胆管细胞癌需要鉴别的疾病主要有肝原发性肝癌，最常见的类型是肝细胞癌。肝细胞癌的患者往往有乙肝的背景，或者有肝硬化，而且它在影像学上的表现是非常有特点的，另外它在血液学检查方面有甲胎蛋白升高，因此在鉴别上可以通过影像学来进行鉴别。胆管细胞癌的诊断最终还是要靠病理进行明确诊断。对肝细胞癌来说，它影像学的表现在专业的领域就是快进快出的一种影像学表现；但是对于肝内胆管细胞癌的表现，它在肝脏内的组织通常是一种乏血供的表现。