甲状腺功能减退症的病因可以分为五大类，原发性甲状腺功能减退症、继发性甲状腺功能减退症、甲状腺炎性甲状腺功能减退症、甲状腺激素抵抗性甲状腺功能减退症、全身疾病所致的甲状腺功能减退症，具体原因如下：
第一、在临床上原发性甲状腺功能减退症是最多见的，其中包括桥本甲状腺炎所致的甲状腺功能减退症，医源性甲状腺功能减退症也就是手术、碘放疗或抗甲状腺药物治疗所引起的甲状腺功能减退症，碘缺乏所致的甲状腺功能减退症是原发性甲状腺功能减退症的最主要的原因。
第二、继发性的甲状腺功能减退症主要是由于垂体TSH缺乏，或者下丘脑促甲状腺激素释放激素TRH缺乏所致的甲状腺功能减退症，一般临床上比较少见。
第三、甲状腺炎性甲状腺功能减退症主要见于亚急性甲状腺炎甲减期、产后甲状腺炎甲减期、无痛性甲状腺炎甲减期、慢性纤维性甲状腺炎等。各种原因引起的甲状腺炎所造成的甲状腺功能减退症，大多数为一过性的，随着病情的好转，甲状腺功能也会逐渐恢复正常，一般不需要甲状腺激素替代治疗。
第四、甲状腺激素抵抗性甲状腺功能减退症是甲状腺激素抵抗造成的甲状腺功能减退，非常罕见，治疗比较复杂，需要在有经验的医生指导下用药。
第五、全身性的疾病所导致的甲状腺功能减退症主要见于结节病、白血病、血色病、淋巴瘤、淀粉样变和硬皮病等疾病。
