格林-巴利综合征一般具有自限性，预后相对良好，一般肢体瘫痪多在发病三周后逐渐开始恢复，多数患者能够在两个月到一年内恢复正常，大约有10%的患者可能会遗留严重的后遗症。
格林-巴利综合征的病死率大约5%左右，主要死于呼吸衰竭、感染、低血压、严重的心律失常等并发症。患者为60岁以上，病情进展迅速，需要辅助呼吸或者运动神经波幅降低，是预后不良的危险因素。一般在急性期应该积极给予丙种球蛋白冲击治疗，或应用血浆置换治疗，同时给予B族维生素营养神经，并且针对感染等并发症进行积极的治疗，多数病人可以恢复。