手足口病是由一组肠道病毒引起的急性传染病，其中肠道病毒71型和柯萨奇病毒A组传染性最强。传染源主要包括患者和隐性病毒感染携带者，主要的传播途经是粪-口传播、呼吸道的飞沫传播、生活中的密切接触，传染性比较强。患者和病毒的携带者的粪便、呼吸道的分泌物以及患者的黏膜疱疹中有大量的病毒，接触了由患者污染的手、日常玩具、用具、衣物以及医疗器械等，均可造成感染。其中手传染最重要，在流行的地区，要注意避免传播，避免到人多的场合。
手足口病的传染期一般最少两周，在发病后的一周内传染性比较强，一般孩子病后一周内可以痊愈，但是孩子的粪便中仍有病毒的排出。所以从发病开始，手足口病的孩子最少隔离两周，一般孩子的传染性会有两周。