临床上对伤寒的治疗通常以抗菌治疗为主，一般治疗和对症治疗为辅，应根据药物敏感性试验结果，选择敏感的抗菌药物进行治疗，在得到药敏实验结果之前，可以根据经验选择用药。
首选的药物是第三代喹诺酮类抗菌药物，如左旋氧氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星、培氟沙星、洛美沙星等，对于儿童和孕妇患者应首先使用第三代头孢菌素如头孢噻肟、头孢哌酮、头孢他啶和头孢曲松，在得到药物敏感性试验结果后，再决定是否进行治疗方案的调整。
与此同时，注意对患者进行肠道隔离，安排其卧床休息，做好护理，密切监测体温、脉搏、血压和粪便性状的变化，并针对患者出现的各种临床症状，进行适当的对症处理。