治疗低位肛瘘最好的方法就是手术治疗，其他的方法包括药物以及药膏的涂抹，都只能暂时的缓解肛瘘症状，无法将其根治。
在使用手术的方法治疗低位肛瘘时，应该使用造影技术将瘘管以及开口探测清楚，由于低位肛瘘所处的位置较低，在手术时对肛门括约肌造成的影响也比较小，所以基本上不用对肛门括约肌做较为复杂的保护。
在观察清楚之后，采用手术切开引流的方法进行治疗，使用探针从瘘管的一端穿入，直接到达瘘管的另一端，然后使用手术刀沿着探针将瘘管直接切开，使里面的脓液充分的流出。
在充分的消炎之后进行结扎缝合，在结扎缝合时一定要注意留出部分开口。