无痛肠镜的检查是不痛苦的，它是在麻醉情况下进行的，患者相当于睡了一觉完成了一项检查，但醒来之后可能会觉得有不舒服的感觉，因为在做肠镜的时候医生是要打入一些气体将肠黏膜撑开，才能仔细的观察肠黏膜是否有疾病，这些气体要需要一定的时间来排出体外，因此在患者结束检查醒来以后，可能会觉得腹部腹胀、腹痛等症状。
其他的就是麻醉药的副作用，患者在应用麻醉药之后醒来以后的那天可能会感觉到乏力、头晕、困倦、嗜睡等，因此那天一定要有家属的陪同，并且不建议进行驾驶或者进行需要高度集中精力的工作。