乙型脑炎重度患者后遗症可以表现的首先是智能下降，表现为记忆力下降或者痴呆这种症状。还有可以表现为癫痫发作，特别是额叶或者颞叶区域出现的炎症，破坏和继发性癫痫的发生，一般都难治性。
还有会导致功能的障碍，包括因为运动神经受到损伤而引起的偏身感觉麻木的症状和偏盲的症状，一侧的视觉障碍或者视空间障碍。还有可以表现为脑积水，因为脑积水出现，脑脊液代谢循环梗阻，表现为梗阻性脑积水症状。