泌尿生殖系的衣原体感染可通过性接触传播，所以也是性病的一种。衣原体是一类专性细胞内肌层的原核细胞型微生物，临床上常见的致病性衣原体包括沙眼衣原体、肺炎衣原体。沙眼衣原体感染人体后，可引起多种疾病，如沙眼、包涵体结膜炎、泌尿生殖系统感染、性病淋巴肉芽肿等。
尤其是泌尿生殖系统的感染，在临床上十分常见，一部分患者感染后可没有任何临床症状和体征，但可通过性接触进行传播，导致性伴侣感染。出现症状的男性患者可表现为尿道炎、附睾炎、前列腺炎及直肠炎，女性尿道炎可表现为尿频、排尿困难，还可引起生殖道感染，如宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎及宫腔内感染等。肺炎衣原体可引起人体呼吸系统感染，主要通过呼吸道传播，也可通过接触传播。