智齿拔除一般的风险均可规避，常见的风险有牙槽突、下颌骨骨折，邻牙、对颌牙损伤，神经的损伤比较常见。下牙槽神经损伤90%是拔除下颌阻生智齿所引起，拔牙时可能损伤的神经有颏神经、舌神经、鼻腭神经、颊神经和下牙槽神经。
鼻腭神经和颊神经经常在翻瓣手术时被切断，但它们可迅速恢复，拔除智齿可能引起颞下颌关节的损伤，拔除智齿断根，由于取出断根操作过程中比较盲目，器械顶在断根断面上，可能引起断根的移位，断根入翼下颌间隙。拔牙可引起术区的肿胀，术后开口受限，拔牙后反应性疼痛，拔牙后有出血、感染、干槽症等症状，下颌阻生智齿拔除后干槽症的发生几率较高。