甲状腺功能减退症的病因复杂，以原发性者多见，其中自身免疫性损伤是最常见的原因，具体分析如下：
1、最常见的是自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎和产后甲状腺炎。
2、甲状腺破坏，包括手术碘-131治疗。
3、碘过量或碘缺乏，碘是合成甲状腺激素的原料，碘过量可以引起甲减，碘缺乏的时候也可以导致甲减的发生。
4、抗甲状腺药物，硫脲类的、咪唑类的以及碳酸锂等抗甲状腺药物均可以引起甲状腺功能减退。
5、垂体或者下丘脑的病变，垂体的外照射，垂体大腺瘤，都可以引起甲减的发生。
6、先天性的甲状腺缺如或者异位。
7、在亚急性甲状腺炎、产后甲状腺炎也可以表现为甲减期出现暂时性的甲减。