体检一般不用棉签检查肛门。如果要办健康证，自己用棉签取肛门内的大便样本，送检验科查沙门氏菌，并做细菌培养的检查，确诊是否有消化道传染病，如果有消化道的传染病，就不能从事服务性的相关行业。
一般的体检不用棉签检查肛门，如果体检项目内有肛指检查，医生要戴皮手套，将食指伸入肛门内进行检查，这个项目叫做肛指检查，主要是了解男性的前列腺大小、硬度、表面是否光滑、压痛情况，还可以了解患者直肠周围的情况，看是否有脓肿，还可看直肠肿瘤的大小、硬度、活动度、有无压痛，还能判断是否有内痔、息肉等疾病。