慢性肾功能衰竭期是比较严重的情况，随时有可能转为尿毒症，因此其治疗以降肌酐和延缓肾功能恶化为主。
患者可以使用中药和中成药治疗，中药汤剂可以根据患者的证型来治疗，从而起到降肌酐以及改善症状的作用，中成药中尿毒清颗粒、肾衰宁片等药物，可以起到护肾排毒，延缓肾功能恶化的作用；同时可以使用前列地尔等药物，改善肾脏血流；叶酸片和铁片来改善贫血。
如果有高磷血症，可以使用司维拉姆等降磷药物；如果有继发性甲旁腺功能亢进，可以使用骨化三醇等对症治疗；如果血肌酐升高，可以考虑做血液透析或腹膜透析，治疗前要暂时行动静脉内瘘成形术。