肝上长石头实际是肝内胆管结石，有一定的临床危险。肝内胆管结石容易导致胆管炎的发生，而胆管炎还容易造成结石部位的胆管狭窄，并伴有远端胆管扩张，严重的患者还可以导致急性化脓性梗阻性胆管炎，引起感染性休克和多器官功能衰竭，甚至危及生命。反复发作的胆管炎可以造成相应肝脏组织的萎缩，甚至可以导致胆管细胞性肝癌的发生。胆管细胞性肝癌是原发性肝癌的一种类型，相比于肝细胞肝癌，其化疗和介入栓塞更加不敏感，而且肝移植目前效果欠佳，因此预后也非常差，5年生存率不超过20%。即使进行手术切除，也容易出现肝内播散、复发以及转移，严重危及患者的生存期。