巧克力囊肿在临床中一般指卵巢巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症，对于子宫内膜异位症主要恶变部位是在卵巢，其他部位比较少见，临床有以下情况应警惕内异症恶变：1、绝经后内异症患者，疼痛节律改变；2、卵巢囊肿直径＞10cm；3、影像学检查有恶性征象；4、血清CA12-5＞200IU/mL。
治疗应循卵巢癌的治疗原则，预后一般比非内异症恶变的卵巢癌好。对于卵巢巧克力囊肿的患者，首选治疗是手术治疗，手术治疗存在手术指征，包括以下：1、卵巢子宫内膜异位囊肿直径≥4cm；2、合并不孕；3、痛经药物治疗无效，手术以腹腔镜为首选，但手术后症状复发率较高，故手术后应辅助药物治疗并进行长期管理，可根据病情选择一线或二线药物用于术后治疗，以减少卵巢子宫内膜异位囊肿和疼痛复发，但停药后症状常会很快再出现。对于卵巢巧克力囊肿的患者，如果没有要宝宝的情况下，可以通过GnRH(即促性腺激素释放激素)来延缓复发，如果想要宝宝，就尽快来要宝宝，要宝宝之后也会对于病情的复发起到延缓作用。