小便时外阴有刺痛有以下几种原因：
1、最常见的是尿路感染，如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎等，多同时伴有尿频、尿急等症状，尿常规白细胞阳性，一般使用有效抗生素抗感染治疗；
2、如果是女性同时要考虑妇科炎症，特别是阴道炎，因为阴道炎时小便也有外阴刺痛的感觉，可到妇科就诊并行妇科查体，其多伴有白带异常等情况，一旦确诊阴道炎需要积极的治疗；
3、小便时外阴有刺痛，还考虑是泌尿系结石所致，一般伴有肾绞痛、血尿等情况，泌尿系彩超提示结石，需要根据结石大小进行治疗，如果结石较小可以使用中药治疗，结石较大则手术治疗。