肛周脓肿分为浅部脓肿和深部脓肿，浅部脓肿一般是在肛周的皮下小脓肿，其感染源多由外而入，一般是由于局部不洁、浅表的擦伤或在肛门周围注射药物所引起的。
深部的脓肿共同特点都是感染，都是从直肠肛管壁内蔓延所致，肛隐窝正是这种脓肿最主要的病因，其他直肠肛管壁的破裂损伤，如肛裂、异物损伤、医源性的损伤也是常见的感染原因。
此外，直肠肛管周围脓肿也可以由于癌症、盆腔炎症、结核以及尿路感染，以及一些与肛管相关的疾病所引起。