卵巢囊肿在超声影像学观察下，可以发现卵巢有多种性质囊肿，有卵巢子宫内膜异位囊肿、卵巢非赘生性囊肿或者卵巢赘生性囊肿。卵巢的性质可以根据临床表现、妇检情况，以及超声影像学提示的囊肿性质而进行综合诊断。
巧克力囊肿有痛经、性交痛、不孕等，与子宫有粘连，活动受限，有压痛，进行治疗时只能考虑手术切除。但要避免肠管损伤，因为粘连严重，术后要预防肠粘连再次发生。卵巢非赘性囊肿直径超过5-8cm以上，可能需要手术治疗，但是多数非赘生性囊肿可以自行消失。赘生性囊肿，有良性或者恶性，可以开腹手术或者腹腔镜下手术，术后送病检。