引发自然流产的原因较多，最为常见的原因是胚胎或胎儿染色体异常，特别这种异常容易造成早期的流产，可以占早期流产原因的50%-60%。
另外，孕妇本身的原因，比如孕妇患有全身性疾病，如贫血、心脏病、感染性疾病等都容易造成流产。还有子宫方面的问题，如子宫畸形、宫腔粘连、子宫肌瘤、子宫腺肌症等。
此外，女性内分泌异常，比如黄体功能不全、甲状腺功能减退等。还有一些免疫因素也易导致，如母体血型抗原不合、抗精子抗体存在、封闭抗体不足等等。