女性卵巢囊肿包括多种情况，需要作出鉴别和处理。最常见的卵巢囊肿是生理性囊肿，指卵泡囊肿、黄体囊肿等等。一般囊壁薄，囊肿直径小于3-4cm，常常经过1-2次月经就会自行消退，不需要治疗。卵巢囊肿也包括卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位症的一种，一般表现为中等大小的囊肿，囊壁厚，囊内充满点状强回声或者短线样强回声。
对于卵巢巧克力囊肿，常常需要行巧囊剥除术，病变严重者也可以同时行子宫切除，甚至子宫加双附件切除。卵巢囊肿也包括卵巢浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等卵巢肿瘤，一般要行囊肿剥除术。