慢性胃炎的确诊主要是依赖内镜检查和胃黏膜活检组织学检查，多数慢性胃炎病人没有任何症状，即使有症状也缺乏特异性，而且缺乏特异性的体征，因此根据症状和体征是难以确诊慢性胃炎的。确诊主要是依赖内镜检查和胃黏膜活检、组织学检查，尤其是组织病理学诊断价值更大。
慢性胃炎的病理诊断标准，对于非萎缩性胃炎，主要是黏膜炎症细胞，以淋巴细胞和浆细胞为主，萎缩性胃炎的诊断标准是固有腺体有萎缩，即可以诊断为萎缩性胃炎，其中还包括肠化和内瘤变，如果出现萎缩、肠化、内瘤变，就可以诊断为萎缩性胃炎。临床医生可以根据病理结果，以及结合胃镜检查的情况来做出诊断。