子宫内膜异位症最常见的临床类型是巧囊以及子宫腺肌病，巧囊以及子宫腺肌病首先可能会出现相应的临床症状，包括痛经进行性加重以及异常子宫出血。有这些临床症状的患者，首先要由医生进行妇科内诊检查，妇科医生通过内诊可以在子宫直肠陷窝触及触痛结节，如果是巧囊的患者，可以在附件区触到固定不动的囊性肿物，如果是子宫腺肌病的患者，可以触及子宫呈球形增大，活动度欠佳。继续进一步的检查是行妇科超声检查，妇科超声可以在附件区探及卵巢囊肿，囊内呈密集细小点状回声，则考虑为巧囊，而子宫腺肌病的超声提示一般是子宫呈球形增大，子宫肌壁增厚，有的时候可以看到子宫肌壁间存在子宫腺肌瘤样改变，可以初步的确诊为子宫内膜异位症。