甲钴胺替代不了鼠神经因子，甲钴胺和鼠神经因子都是营养神经的药物，可以促进神经损伤的恢复。但是甲钴胺在临床上主要适用于周围神经病变，比如患者因为糖尿病导致末梢神经损伤，而出现肢体对称性麻木、疼痛，或者因为其它原因导致的末梢神经损伤，可以口服甲钴胺改善。
但是鼠神经生长因子在临床上主要是通过促进神经恢复，是用于治疗视神经损伤比较有效的药物。临床上主要通过肌肉注射来治疗，甲钴胺可以口服，也可以肌肉注射。鼠神经生长因子的效果相对更好，但是药物的价格比甲钴胺要贵很多。