巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，子宫内膜异位症的症状包括下腹痛和痛经，疼痛是内异症的主要症状，典型的症状为继发性痛经进行性加重，疼痛多位于下腹、腰骶及盆腔正中，有时可放射至会阴、肛门及大腿，常于月经来潮时出现，并持续至整个经期。
疼痛的严重程度与病灶的大小不一定成正比，年龄严重的卵巢异位囊肿患者可能并无疼痛，而盆腔内散在的病灶可能会引起难以忍受的疼痛。
内异症患者的不孕率可以高达40%，引起不孕的原因复杂，如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，性交不适也是比较常出现的，多见于子宫直肠陷凹有异位病灶或因局部年龄，使子宫后倾固定的患者会出现。